يشكّل مجلس الاتحاد الأوروبي المؤسسة التي تُمثَّل فيها كافّة حكومات البلدان الأعضاء في الاتحاد.
يلتقي الوزراء الوطنييون من كافّة الدول الأعضاء ضمن عشر تشكيلات مختلفة من أجل تنسيق السياسات. إنّ التشكيلة الأكثر أهميّة فيما يتعلّق بتعزيز حقوق الإنسان في العالم هي مجلس الشؤون الخارجية حيث يُجري فيه وزراء الشؤون الخارجية في الدول الأعضاء المناقشات بقصد اعتماد خطوط مشتركة حول العمل الخارجي للاتحاد الأوروبي.
يترأس مجلس الشؤون الخارجية الممثّل الأعلى للشؤون الخارجية في الاتحاد الأوروبي ويتخّذ المجلس المواقف بشأن انتهاكات حقوق الإنسان في البلدان غير الأعضاء في الاتحاد ويتّفق على التدابير الواجب اتخاذها من قبل الاتحاد.
تُتخّذ القرارات في مجلس الشؤون الخارجية بتوافق الآراء أو بالإجماع وليس بأغلبية الأصوات، بما يعني أنّه يمكن لدولة عضو أن تعرقل قيام الاتحاد الأوروبي بعمل ما ممّا قد يُخفّف من مواقفه.
تعدّ اللجنة الأمنية والسياسية عمل مجلس الشؤون الخارجية. إنّ هذه اللجنة التي تتألّف من سفراء الدول الأعضاء لدى الاتحاد الأوروبي والتي تترأسها دائرة العمل الخارجي الأوروبي، توفّر التنسيق والخبرة الفنية في مجال السياسة الخارجية. تدعمها عدّة مجموعات مواضيعية وجغرافية، لا سيّما فريق عمل المغرب والمشرق.
تُعدّ أفرقة العمل هذه مواقف الاتحاد الأوروبي ذات الصلة بولاياتها وتُعنى بالعلاقات الثنائية مع البلدان غير الأعضاء في الاتحاد الأوروبي.
هناك فريق عمل آخر ذو أهميّة وهو فريق عمل حقوق الإنسان والذي يُعنى بشؤون حقوق الإنسان في السياسة الخارجية. يتولّى فريق عمل حقوق الإنسان مسؤولية تشكيل مواقف الاتحاد الأوروبي وسياساته في هذا المجال كما يُراقب تنفيذ الصكوك ذات الصلة.
لا يجوز الخلط بين مجلس الاتحاد الأوروبي ومجلس أوروبا.
يتألّف مجلس أوروبا من 47 دولة أوروبية ويسعى إلى تعزيز المبادئ الديمقراطية والمشتركة القائمة على الاتفاقية الأوروبية لحقوق الإنسان. وإن كان يعمل عن كثب مع الاتحاد الأوروبي، إلا أنّه غير مرتبط مؤسسياً به.